Penyelenggaraan pendidikan Teologi di STT Efata dimulai dari visi yang diterima oleh Pdt. Dr. Surja Kusuma, D.Min. Visi tersebut dimulai dari:

1. Kesadaran akan ladang pelayanan yang luas di seputar gunung Merbabu dan wilayah Salatiga serta kurangnya tenaga pelayan terdidik yang bersedia melayani di wilayah tersebut.
2. Luasnya ladang Tuhan di seluruh dunia, khususnya di Indonesia yang menunjukkan betapa banyaknya orang yang belum mengenal Injil dan perlu
3. Sedikitnya tenaga hamba Tuhan yang mau terjun ke ladang-ladang Tuhan yang sudah menguning.

Visi yang diterima kemudian direalisasikan secara bertahap. Langkah awal dimulai dengan memperlengkapi kaum awam dengan ketrampilan pelayanan dengan harapan akan banyak tenaga pelayan untuk perintisan jemaat dan penjangkauan. Pendidikan untuk kaum awam tersebut diberi nama “Sekolah Injil Awam Victory” (disingkat SIAV). SIAV mulai dijalankan dengan baik, satu periode berlalu, pekerja-pekerja awam pun terlibat dalam pelayanan ke daerah-daerah seputar Salatiga. Dirasakan ada kekurangan dalam pengetahuan teologi bagi para tenaga lapangan tersebut. Oleh karena itu timbul pula gagasan untuk mendidik orang-orang yang benar-benar terpanggil melayani dan melengkapi mereka dengan ilmu teologi agar lebih efektif di lapangan. Langkah berikutnya adalah memulai Sekolah Alkitab Malam (SAM).  SAM didisain dengan kelengkapan ketrampilan lapangan dan pengetahuan teologi. Dari buah pelayanan SAM dapat terwujud beberapa Pos Pekabaran Injil di wilayah lereng hingga puncak Merbabu yang berkembang pesat.

Perkembangan pelayanan yang meluas ke seluruh Indonesia, mempertajam visi Pdt. Dr. Surja Kusuma, D.Min untuk memulai sekolah khusus bagi calon pendeta dan perintis jemaat. Visi tersebut direalisasikan dengan memulai Sekolah Tinggi Theologi Efata pada tanggal 9 Agustus 1993. STT Efata dimulai dari sebuah Gedung yang bersebelahan dengan pastori gereja GPIAI Efata yang berlokasi di Jl. Bangau No. 25 Salatiga. STT Efata dimulai dengan iman dan penyerahan kepada Sang Pemberi Visi pelayanan pendidikan. Prasarana yang digunakan dimulai dengan bangunan asrama, kelas-kelas serta sarana belajar mengajar lainnya yang sangat sederhana, namun realisasi kerinduan untuk memulai Pendidikan yang menghasilkan Hamba Tuhan untuk menjawab kebutuhan pelayanan lapangan sudah mulai bergulir.

Pada bulan September 1994, Pdt. Dr. Surja Kusuma mengadakan Kebaktian Kebangunan Rohani (KKR) di Gereja Masehi Injili Timor (GMIT) Imanuel Soe, Nusa Tenggara Timur, kemudian dilanjutkan dengan KKR di Gereja Kristus Tuhan (GKT) Pontianak, Kalimantan Barat, dan pada bulan Nopember 1994. Pelayanan di luar Jawa tersebut menjadi semacam promosi sekolah karena banyak orang semakin tertarik untuk diperlengkapi langsung oleh Pdt. Surja Kusuma. Sebagai hasilnya, mahasiswa angkatan kedua dan seterusnya berdatangan ke Salatiga dari Nusa Tenggara Timur, Kalimantan Barat, Sulawesi, maupun Papua. Perkembangan jangkauan pelayanan yang tak terpikirkan sebelumnya, meneguhkan Visi dan Misi yang sudah diterima saat STT Efata dirintis.

Keberlangsungan STT Efata bukan perkara ringan karena para dosen diberi tantangan untuk mendidik para mahasiswa secara intelektual, menggembleng karakter dan menanamkan jiwa pelayanan dengan beragam latar belakang, bahasa, budaya, pendidikan dan denominasi gereja. Ada proses panjang yang harus dilewati oleh para dosen karena ada mahasiswa-mahasiswa yang harus didampingi secara intensif untuk memiliki dan memahami panggilan untuk menjadi Hamba Tuhan. Terdapat pula mahasiswa yang perlu digembleng kerohaniannya dan dipantau dalam akademiknya karena kesenjangan taraf pendidikan antara pulau Jawa dengan di luar pulau Jawa.

Lulusan STT Efata Prodi S1 Teologi mulai merintis tempat-tempat pelayanan di berbagai daerah tidak hanya di Jawa Tengah, namun mencapai wilayah Jawa Barat. Pos Pekabaran Injil di daerah Patimuan, Pangandaran, Jawa Barat dapat dibuka oleh Sdr. Linus Calvin Burako dengan perjuangan yang sangat berat dan gigih. Dari tahun ke tahun lulusan STT Efata terus melaksanakan pembukaan daerah-daerah baru di pulau Jawa mupun di luar Jawa. Para lulusan mengimplementasikan Panca Dharma Pelayanan dan Pengabdian (yaitu 5P: Penggembalaan, Pemuridan, Pengutusan, Penginjilan, dan Pembangunan Jemaat). Para lulusan juga menunjukkan karakter yang selaras dengan semboyan STT Efata (= Kuasa, Cipta, Widya, Karya, Karsa).

Bulan Januari tahun 2000, STT Efata mulai melaksanakan pelayanan ke Kalimantan Barat. Sdri. Yohana Benu menjadi mahasiswa praktikkan pertama yang melakukan perintisan di daerah Krongkong. Mahasiswa praktikkan ini menghadapi tantangan yang berat dari segi adat budaya, religius, dan magis. Di tengah berbagai tantangan yang dihadapi, mahasiswa praktikkan tersebut dapat melakukan penerapan ilmu yang sudah diterima dalam perkuliahan di STT Efata, sehingga dengan pertolongan Tuhan Yesus dihasilkan buah pelayanan pertama yaitu orang-orang yang menjadi cikal bakal berdirinya gereja di dusun Sabah-Krongkong, desa Sidan, Kec. Menyuke, Kab. Landak.  Tahun-tahun berikutnya mengalir mahasiswa-mahasiswa praktikkan yang diutus ke pedalaman Kalimantan Barat. Ladang pelayanan luas dan terbuka untuk pemberitaan Kabar Baik, sehingga muncullah daerah-daerah perintisan baru dengan jumlah jemaat yang terbilang banyak.

Dalam perkembangan berikutnya, terlihat ada keperluan mendesak yaitu bahwa sekolah-sekolah memerlukan guru-guru Agama Kristen yang berkualitas. Beberapa sekolah negeri kota Salatiga dan sekitarnya tidak mempunyai guru-guru agama Kristen. Di samping itu, pendidikan dasar merupakan kebutuhan mendesak di daerah perintisan jemaat baru yang sudah dilayani oleh para lulusan STT Efata. Kebutuhan tersebut menggugah para pimpinan STT Efata untuk membuka Program Studi Sarjana Pendidikan Agama Kristen (Prodi S1 PAK). Pada tahun 2000 mulai dibuka prodi S1 PAK.  Kelengkapan pengetahuan dan praktik pelayanan yang diajarkan di STT Efata akan menolong lulusan untuk dapat menggembalakan maupun mengajar di sekolah-sekolah. Kelengkapan tersebut dapat mewujudkan sinergi antara penggembalaan dan pendidikan di sekolah, serta perintisan jemaat melalui jalur pendidikan.  Dalam perkembangan pelayanan di lapangan, ada beberapa lulusan STT Efata yang telah berhasil mendirikan jemaat GPIAI Efata; yang tersebar di tiga belas propinsi, yaitu: Sumatera Utara, Lampung, Riau, DKI Jakarta, Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Kalimantan Barat, Sulawesi Tengah, Nusa Tenggara Timur, dan Papua. Terdapat juga lulusan yang menjadi guru-guru agama Kristen dengan jiwa misioner di sekolah-sekolah yang tersebar di berbagai kepulauan di Indonesia.

Perkembangan pelayanan di lapangan membutuhkan kelengkapan dalam layanan konseling, oleh karena itu STT Efata mulai merintis untuk membuka Program Studi Pascasarjana Pastoral Konseling. Uji kelayakan program dilakukan pada tanggal 6 November 2010. Ijin penyelenggaraan untuk Prodi Pascasarjana Pastoral Konseling diperoleh pada awal tahun 2011. SK Akreditasi untuk Prodi Pastoral Konseling dieproleh tanggal 25 Maret 2015. Proses penyelenggaraan program Pastoral Konseling terus berlangsung dengan baik, sehingga mampu memperlengkapi para hamba Tuhan dalam pelayanan gerejawi maupun para pendidik dalam pembinaan di sekolah-sekolah. Pastoral Konseling yang diterapkan dalam layanan gerejawi membawa dampak peningkatan kualitas penggembalaan di lapangan.